NZS je objavila uraden seznam klubov, ki bodo v prihodnji sezoni igrali v 3. SNL. V vzhodni skupini bodo v sezoni 2012/13 kot novi člani nastopile ekipe ND Beltinci (prvak Pomurske lige), NK Šmarje pri Jelšah (prvak Štajerske lige)  in NK Ljutomer (2. uvrščena ekipa Pomurske lige).  V ligi ostaja 13. uvrščena ekipa lanske sezone NK Bistrica iz Slovenske Bistrice. Od "starih" tretjeligašev  pa bo manjkala ekipa iz Stojnc, ki ni pravočasno oddala vloge za licenco.
Sestava 3. lig v prilogi.